眾所周知，我們的食物決定我們的健康狀況。但事實并不是完全如此——事實上是我們所能夠消化和吸收的食物決定了我們的健康狀況。食物只有首先被分解成為身體可以吸收的成分，才能夠為我們提供營養物質。而這個過程是由酶來完成，酶是消化食物并將大塊食物分解為小塊顆粒的化合物。在這個過程中，蛋白質被分解為氨基酸；碳水化合物被分解為單糖；脂肪被分解為脂肪酸和甘油。每天會有10升消化液進入消化道，它們主要是由胰腺、肝臟、胃以及腸壁分泌的。

身體需要營養物質來制造這些酶。營養不良會迅速導致酶缺乏（這就意味著身體利用已經攝人的營養物質的能力會下降，從而使酶缺乏加劇——于是形成了惡性循環）。例如，胃酸和可以分解蛋白質的蛋白酶的分泌都需要鋅元素。患鋅缺乏癥的人不能有效地將蛋白質分解，使得較大的食物分子停留在它們本不應該停留的小腸中。如果腸壁有損傷（這是鋅缺乏癥導致的常見缺陷），這些未被消化的食物分子就會進入人體內部，并被視為侵略者而遭到攻擊。這是大多數食物過敏癥的基本原理。

一旦一種食物成為過敏反應的對象，每次進食這種食物的時候，腸道的反應都會導致炎癥的發生。這種反應會破壞腸道內有益菌與其他微生物的平衡。如果你患有消化不良、腫脹、腸胃氣脹、消化疼痛、結腸炎、腸易激綜合癥。節段性回腸炎以及念珠菌病，那么由消化酶缺乏引起的食物過敏很可能就是一個致病的原因。

消化酶主要包括消化碳水化合物的淀粉酶、消化蛋白質的蛋白酶和消化脂肪的脂肪酶。許多營養增補劑中都含有這些酶，以輔助消化。凍干的植物酶常用于這個目的。其中最常見的是菠蘿中含有的菠蘿蛋白酶以及木瓜中含有的木瓜蛋白酶。木瓜蛋白酶的化學特性與胃蛋白酶非常相似，它是一種效力極強的蛋白質消化酶，可以消化相當于自身重量35－100倍的食物。