抗生素在治愈疾病并挽救許多患者生命的同時，因為不合理使用而導致的不良反應增多、細菌耐藥性增強、甚至治療失敗的現象也日益常見。７月３１日在上海舉行的“合理使用抗生素全國專家研討會”上傳出信息：當前社會上濫用和醫院內不合理使用抗生素的情況十分嚴重。
上海第二醫科大學附屬瑞金醫院臨床微生物科主任倪語星告訴記者，隨著我國著力推行抗生素在藥房憑處方購買等措施，社會上濫用抗生素的現象將逐步得到緩解，同時，擁有處方權的醫生在處置抗生素時，更應該擔負起合理使用抗生素的責任。由于醫生自身知識的局限、醫藥企業促銷等因素，造成了醫院內應用抗生素的誤區。目前醫院內使用抗生素主要存在三重誤區。
第一，大多數醫生使用抗生素是憑經驗用藥，沒有根據微生物學證據和細菌感染分析結果來指導用藥。世界衛生組織要求５０％使用抗生素的患者在用藥前進行標本的細菌培養，而我國的這一比例低于３０％。許多醫生在輪番運用了多種抗生素后仍然看不到效果時才想起標本送檢，可是，這個時候由于病人體內已經含有抗生素，細菌可能早已發生變異，標本陽性率降低，給確定病原菌帶來了很大困難。
倪語星說：我們不一概反對經驗性用藥，細菌培養一般需要２－３天時間，臨床上為了搶救危重病人，可以先憑經驗使用抗生素應急；但是必須強調經驗性用藥也要依據以往的微生物學依據，不能任意試用抗生素，一種不行就再上一種，在用藥前要預留標本。
第二，外科手術前的預防用藥十分普遍，為了讓病人“增強抵抗力”，在手術前、也就是說病人還沒有出現感染時，就使用高檔的抗生素。這種做法不僅無益，而且是很大的浪費。
第三，在許多根本不是細菌感染的場合使用抗生素。
最常見的是把抗生素當作退燒藥，只要病人發燒就用藥，其實發燒的原因多種多樣，如病毒感染、腫瘤、免疫作用等都可以引發患者發燒，濫用抗生素只會延誤病情。
最典型的就是由于第３代頭孢的濫用，這一原本適用于較嚴重感染的抗生素被廣泛運用，在眾多患者體內產生了破壞抗生素的超廣譜β內酰胺酶，諸如腸桿菌科等多種細菌對第３代頭孢耐藥。
我國各地的細菌耐藥狀況差異很大，國家正在積極制訂有關抗生素應用指南，各個省市將根據其中的指導原則制訂相應的實施計劃，為了嚴格規范醫院內抗生素的使用，理想的狀況是每個大型綜合性醫療機構都應該建立抗生素的應用指南。