日常的蔬菜瓜果清洗方法，對去除食品中的農藥殘留只起到微乎其微的效果。

浸泡水洗法：絕大部分農藥難溶于水，此種方法僅能除極少量的農藥污染。其次，水洗會造成水污染，形成農藥殘留的二次污染。

堿水浸泡法：此種方法也僅能除極少量的農藥殘留，同樣會造成二次污染。針對部分可溶性農藥反而有害。可溶性農藥遇堿可能發生化學反應，使農藥毒性增強，例如，敵百蟲在堿性溶液中可變成毒性更強的敵敵畏。

去皮法：這種方法的局限是只能對部分瓜果表面的農藥殘留進行去除，對更多的蔬菜卻沒有辦法。同樣去掉的皮流入環境后也會造成進一步的環境污染。

儲存法： 在實踐中，雖然農藥本身具有緩慢分解的作用，但由于很多農藥的自然降解時間長達幾十年甚至上百年，所以此種方法不可用。

使用洗潔精、洗潔凈： 對待這個問題要從多層面考慮。清洗劑都含有表面活性劑，去油能力較強，是化學藥劑類，若長期攝入這類物質，則會對人體可能產生蓄積性毒害。

臭氧去除農藥殘留： 從科學原理方面看此種方法目前仍然有待論證，臭氧在家庭應用中的主要功能表現在殺菌、消毒方面。臭氧具有光譜殺菌性能，是一種無毒氣體。臭氧的副作用主要因為它的強氧化能力，在濃度高于1.5mg/l以上時，人員須離開現場，否則會造成呼吸系統的應激性反應，嚴重的會造成可逆性傷害，鋁、鉛等金屬與臭氧接觸會產生氧化腐蝕現象。國外的相關測試顯示，臭氧濃度要達到5-30mg/l才會對果蔬殘留農藥起到一定的作用。然而只要超過濃度1-2mg/l臭氧水的浸泡就會使果蔬漂泊并且嚴重破壞營養。